Из-за неритмичной работы сердца нарушается текучесть крови, в результате в сердце, обычно в левом предсердии, может образоваться тромб. Частички тромба могут оторваться и с током крови попасть в сосуды головного мозга и вызвать эмболический, т.е. вызванный тромбом, инсульт. Точно также может развиться некроз любого органа, например инфаркт миокарда, почки, глаза, конечностей и т.д. Кроме того, при мерцательной аритмии не происходит нагнетания крови из предсердий в желудочки, поэтому желудочки заполняются кровью не полностью, в результате снижается выброс крови из сердца в аорту, нарушается кровоснабжение всех органов и развивается сердечная недостаточность.